Le choix des deux sites de dépôt s'effectue selon une procédure en plusieurs étapes prédéfinie dans le plan sectoriel «Dépôts en couches géologiques profondes». La Confédération dirige cette procédure. Pour la sélection, la priorité est donnée à la sécurité.
La première étape de la procédure s'est terminée en 2011. Elle a consisté à définir quelles sont les régions de Suisse qui conviennent en principe comme domaine d'implantation géologique (voir la question précédente). Au cours de la deuxième étape, la Nagra étudie les différents domaines et les compare afin de proposer un choix restreint. Parallèlement, elle concrétise les projets de dépôts profonds. Elle définit également les aires d’implantation des installations de surface, en collaboration avec la population et les autorités de la région concernée. Les autorités de sûreté, la Confédération et les cantons supervisent et accompagnent les travaux. Dans le cadre de la troisième étape, la Nagra comparera les domaines d’implantation restants et proposera ceux qui, à son avis, sont les mieux appropriés, l’un pour les déchets de haute activité, l’autre pour les déchets de faible et moyenne activité. Les autorités surveilleront également ces travaux. La participation de la région d’implantation continue en parallèle. La décision finale d'approbation des sites choisis appartient au Conseil fédéral, au Parlement et en dernière instance au peuple suisse (référendum facultatif). Cette décision sera probablement prise dans une bonne dizaine d’années.
Les trois étapes de la procédure de choix des sites pour les dépôts profonds